Vodné dielo bolo budované od roku 1977, pôvodne ako vodné dielo Gabčíkovo-Nagymaros na základe medzinárodnej zmluvy z roku 1977 a predovšetkým s cieľom zabrániť pravidelným záplavám v tejto oblasti (napr. 1954 a 1965). Maďarsko v máji/novembri roku 1989 jednostranne a bez toho, aby to oznámilo, ukončilo práce na stavbe svojej časti, čím donútilo Česko-Slovensko od novembra 1991 realizovať len časť diela pri Bratislave v pozmenenej podobe. Toto dielo bolo uvedené do prevádzky v októbri 1992, sekundárne časti stavby (elektráreň a podobne) boli uvedené do prevádzky v roku (?) 1996. Odstúpenie Maďarska od zmluvy bolo dlhé roky predmetom medzinárodného právneho sporu medzi Slovenskom (ako dedičom záväzkov po Česko-Slovensku) a Maďarskom. Medzinárodný súdny dvor v októbri 1997 rozhodol, že zmluva z roku 1977 stále platí. Maďarsko taktiež nebolo oprávnené v roku 1989 prerušiť a neskôr pozastaviť práce na vodnom diele.